В 1977 году окончил Казахский политехнический институт им. В. И. Ленина по специальности горный инженер-экономист и в течение 14 лет работал в системе Академии наук Казахстана (кандидат технических наук, автор более 20 изобретений), а в 1999 году окончил с красным дипломом Высшую школу права "Адилет".
В начале 1990-х работал в Конфедерации независимых профсоюзов Казахстана. В 1990 году был одним из организаторов Cоциал-демократической партии Казахстана. В 1990—1994 годах участвовал в создании Союза предпринимателей и арендаторов страны.
В 1993 году создал и возглавил Казахстанское международное бюро по правам человека и соблюдению законности (первоначально Казахстанско-американское бюро по правам человека и соблюдению законности).
Евгений Жовтис автор аналитических обзоров, докладов, отчетов о ситуации с правами человека в Казахстане и Центральной Азии. Член Комиссии по правам человека при президенте Казахстана, член Общественной палаты при мажилисе парламента Казахстана, член различных экспертных советов. Был автором предложений к Национальному плану действий по правам человека в Республике Казахстан на 2009—2013 годы.
В 2002 году был признан лучшим юристом Казахстана на конкурсе "Человек года".
Евгений Жовтис лауреат премии Европейского Союза и США за вклад в продвижение демократии и гражданского общества в Казахстане (1998), лауреат премии Международной лиги по правам человека (1999), лауреат премии Международной Хельсинкской Федерации (2005), лауреат премии "Свобода" (2006), лауреат премии Фонда им. Фридриха Эберта в области прав человека (2007), лауреат премии им. Андрея Сахарова Норвежского Хельсинкского Комитета (2010).
В сентябре 2009 года Евгений Жовтис был осужден Балхашским районным судом Алматинской области Казахстана на четыре года лишения свободы в колонии-поселении, его признали виновным в совершении ДТП, повлекшего по неосторожности смерть человека. Приговор вызвал неоднозначную реакцию внутри и за пределами Казахстана, к объективному расследованию дела власти Казахстана призывали Европейский Союз, Европейский парламент и США. После приговора был создан Международный комитет в защиту Евгения Жовтиса. Евгений Жовтис отбывал наказание в колонии-поселении в Восточно-Казахстанской области.
01.02.2012 состоялось судебное заседание (постановление суда 02.02.2012, срок исполнения 15 дней) о применении амнистии к Евгению Жовтису и Т.Кучукову. 17 февраля 2012 они освободились. 21 февраля он был встречен в Алмаатинском аэропорту. Само освобождение, как и нахождение Жовтиса под стражей активно обсуждалось прессой. Евгений Жовтис в соавторстве с Тохниязом Кучуковым опубликовали книгу "Записки колониста".
