Первый дворец Кносса построен ок. 1700-1400 г. до н. э. на остатках находившегося здесь ранее с 2000 г. до н. э. неолитического поселения. Этот дворец был разрушен ок. 1700 г. до н. э., и на его месте был построен другой. Период 1700—1450 гг. до н. э. — время высочайшего расцвета минойской цивилизации и особенно Кносса. Около 1600 г. до н. э. имели место сильные разрушения в результате землетрясения. Однако вскоре были проведены необходимые востановительные работы, и одновременно на той же территории были построены и другие великолепные сооружения.
Новая катастрофа, — вероятней всего, явившаяся результатом извержения вулкана на острове Санторин, — произошла ок. 1450 г. до н. э. Затем последовало вторжение ахейцев, а некоторое время спустя Дворец был разрушен полностью во время военного конфликта, когда Критом овладели дорийцы. Территория дворца больше не заселялась, но Кносс продолжал оставаться значительным городом-государством вплоть до первого византийского периода. В эпоху римского владычества Кносс отступает на второй план, а во время венецианского владычества приходит в полное запустение.
Почти все сохранившиеся до настоящего времени развалины относятся к периоду после 1600 г. до н. э., так называемому новодворцовому периоду. Систематические раскопки территории начались с 1900 года английским археологом Артуром Эвансом.
