В 1975 году окончил общеэкономический факультет Новосибирского института народного хозяйства, затем аспирантуру в Новосибирском государственном университете. Несколько лет преподавал в вузах города.
С 1981 году работал в Новосибирском облисполкоме: начальником отдела промышленности и товаров народного потребления областной плановой комиссии, заместителем председателя плановой комиссии, первым заместителем председателя планово-экономического управления.
В 1991 году В.А. Толоконский назначен заместителем, а в 1992 году - первым заместителем председателя Новосибирского горисполкома.
С декабря 1993 года В.А. Толоконский - мэр Новосибирска.
В марте 1996 года победил на первых выборах мэра Новосибирска, набрав более 80-ти процентов голосов избирателей.
В январе 2000 года В.А. Толоконский был избран главой администрации Новосибирской области.
