Заявление об уходе не содержало объяснений, и ученый совет, который состоялся в четверг, принял его не сразу, дав президенту две недели на случай, если он вдруг передумает.
В1986 году Афанасьев возглавил Московский государственный историко-архивный институт. После преобразования института в гуманитарный университет он оставался его ректором еще десять лет, пока нефтяная компания "ЮКОС" к юбилею не решила подарить университету 100 миллионов долларов на развитие. Основатель вуза уступил пост ректора бизнесмену, совладельцу "ЮКОСа" Леониду Невзлину. Афанасьев стал президентом университета - эту должность для него вписали в устав.
С началом уголовного преследования нефтяной компании Леонид Невзлин решил покинуть университет по собственному желанию, однако и Юрий Афанасьев на этот пост уже не претендовал. Афанасьев не уставал критиковать действующую власть, политику президента и правительства, выпуская публикации за подписью "президент РГГУ".
За три недели до очередной аккредитации РГГУ Афанасьев опубликовал статью с очередной критикой правительства: "Человек, критикующий государство от имени вуза, лишает его любой поддержки этого государства. Кроме того, он призывал вуз поддержать его позицию, обвиняя нас в том, что мы ложимся под власть".
По мнению работников вуза, с новым ректором и без президента позиции университета очевидно упрочились: вуз активно участвует в реализации нацпроектов и рассчитывает получить от государства средства на развитие. Однако публично университет отреагировал на уход основателя с грустью.
